GenSurv: NUM Genomic Pathogen Surveillance and Translational Research

Ein wichtiges Werkzeug zur Überwachung des Infektionsgeschehens in der Bevölkerung ist die vollständige Sequenzierung des Erreger-Erbguts (Genom). Anhand dieser Sequenzinformationen lassen sich beispielsweise Verwandtschaftsverhältnisse zwischen Erregern aufzeigen sowie Übertragungswege zwischen Infizierten nachvollziehen, aber auch neue Erregervarianten identifizieren. Auf Grundlage dieser Daten können Strategien für eine effektive Pandemiesteuerung entwickelt werden.

Im Rahmen des NUM-Forschungsprojekts B-FAST (Bundesweites Forschungsnetz angewandte Surveillance und Testung) wurde ein Netzwerk zur genomischen Überwachung (Surveillance) initiiert und das Fundament für die Sammlung und gemeinsame wissenschaftliche Nutzung dieser Daten gelegt. Dieses Netzwerk wird aufgrund der besonderen Relevanz der Daten für die öffentliche Gesundheit und Patient*innenversorgung als sogenannte NUM-Infrastruktur im Projekt GenSurv (Genomic Pathogen Surveillance and Translational Research) fortgeführt und weiter ausgebaut. Im Fokus der GenSurv-Infrastruktur steht dabei vor allem die Errichtung einer zentralen Datenplattform (Data Hub), in der alle eingebrachten genetischen Daten in einem Stammbaum miteinander verglichen werden, sowie die Definition, wer welche Proben in welchem Umfang genetisch untersuchen soll, um Aussagen über die Verteilung zu machen. Im Weiteren steht die Erarbeitung der Reihenfolge im Vordergrund, in der diese Überwachung auch für weitere gesundheitsgefährdende Erreger etabliert werden soll. Zudem wird das NUM-Projekt MolTraX (Molekulare Surveillance und Infektionskettenverfolgung für lokale Gesundheitsbehörden) den öffentlichen Gesundheitsdienst exemplarisch in die GenSurv-Infrastruktur integrieren. GenSurv und MolTraX erfolgen in enger Kooperation mit dem Robert Koch-Institut. Konkret werden aktuell die in den Universitäten bereits vorab erhobenen Daten auf einer zentralen Datenplattform gesammelt und bundesweit auf verschiedenen Ebenen des Gesundheitswesens, in wissenschaftlich-akademischen Einrichtungen und im öffentlichen Gesundheitsdienst zur Verfügung gestellt. Die Bereitstellung der Daten soll unter anderem dazu beitragen, die Entstehung - im aktuellen Beispiel - neuer Virusvarianten und deren Verbreitungsdynamik möglichst zeitnah verfolgen sowie Übertragungswege und Infektionsketten schnell und einfach nachvollziehen zu können. Insbesondere die Kooperation mit dem Robert Koch-Institut (RKI) in Berlin soll in GenSurv weiter vertieft werden und allen Akteur*innen zur Nutzung bereitgestellt werden.

GenSurv ist eine von insgesamt fünf Infrastrukturen im NUM, die aus Forschungsprojekten der ersten NUM-Förderperiode (01.04.2020 – 31.12.2021) hervorgegangen sind.